（三）呈现多头办理，政策不连贯
（四）申报主体多
（六）部门营业受限
基于各地经济成长的需要，作为对外商业窗口和平台的保税区天然成为各级争抢的香饽饽。各地或企业不管适不适合本身前提纷纷申报，国度政策的阶段性调整以致获批的海关特殊监管区呈现为批量成立的现象。以至出此刻一个城市呈现两个保税区的现象，当然保税区对该地域外向型经济起到了很好的鞭策感化，可是也有一些地域保税区运营的并欠好，形成了反复华侈现象。
全国尚无一部关于海关特殊监管区同一的法令轨制，立法层面较多，各地都有草拟，内容也有所分歧，因而法令之间互相打斗现象时有发生。国务院、海关、各级有时候谁也说不清，没有明细的法律尺度，矛盾较多。在现有和保税区相关的48种法令律例傍边，由国务院制定的有11种，由省级和保税区相关的律例有23种，由市级或部分或者管委会公布的律例有14种，立法条理低且堆叠，变更屡次，影响了保税区的功能的阐扬。
（二）投资和监管成本较高
按照《中华人民国国际海运条例》以及相关法令、律例的，保税区无法开展国际航班集装箱营业、国际航班拼接营业，因而对于国际中改行务的成本和时间都较高。
中国保税区成长具有的问题阐发
（五）中改行务成长较慢
因为自贸区和保税区的定义上的分歧，保税区是“境内关内”，自贸区是“境内关外”一字之差在现行的海关监管国际老例和法则上呈现了误差，间接影响国际中改行务。在退税环节上保税区仍是较繁琐，同时企业承担也较自贸区大。间接影响企业出口的积极性。
一般法令上讲“有法可依、有法必依、法律必严、违法必究”的立法系统。我们前面说过我们和商业区在立法主体上有所区别，自贸区是会立法设立，从设立之初法令就付与了他响应的权限和税收优惠的响应法子；我国的保税区由国务院核准设立，海关出台响应的办理法子，具体管来由区域地点的予以办理，二者设立的体例分歧。因而我们设立的自贸区在开辟区、财产园、出口加工区之间有营业交叉，以试验为目标。立法不明白，目前各级立法对保税区的监管达到了48种之多，可是国务院立法只要11种，这就呈现了多头办理，或者都不管的场合排场，地方和处所式律律例缺乏同一性持续性，未能对我国的保税区在定性、定位、办理的体系体例机制、主体功能等方面明白的提出响应的规范。立法条理参差不齐，变更屡次，彼此冲突。这种现状本色上影响到了保税区功能的一般阐扬，尽快立法，有法可依已成为保税港区又好又快成长的环节地点。
中投参谋发布的《2017-2021年中国保税区深度阐发及成长计谋研究演讲》暗示，最后保税区是以保税仓库的形式成长起来的，作为仓库的首要前提就是占地面积较大，因而保税区的占地面积一般环境下也较大，如西安分析保税区获批面积为6平方公里，在地盘取得方面投入的资金当然就高；别的我国的保税区与世界商业区在国际老例上有差距，我们是在必然的区域，必然的面积，通过必然的物理围网设定的保税区，围网的监管成本天然就高；同时，既然要在围网内监管，天然就需要消息主动化的成立，围网有多长，主动化成立就需要多长，同时还有海关港口主动化、全屏，现代化的投入也很高。据测算仅仅就主动化扶植的投入就需要占总投资额的15%，假如总投资1个亿，那么主动化投资就要达到1500万元，因而投入的成本较高。
（一）立法系统和规章轨制不健全
